پس از وقوع آن حادثه، گویا ایشان فراموش کرده بود که اداره امور زندان‌های حوزه قضایی تهران و بازداشتگاه کهریزک به طور خاص، تحت نظارت وی بوده است. در حکمی که ریاست وقت قوه قضائیه در سال 1378 صادر کرد، مقرر شده بود از این بازداشتگاه تحت نظر دادستان تهران، صرفاً برای نگهداری عوامل مخل آسایش عمومی یا برای نگهداری عوامل اصلی معاملات و توزیع مواد مخدر در سطح کلان استفاده شود.
اما آقای مرتضوی در تیرماه 1388 درحالی با انتقال 147 نفر از بازداشت شدگان حوادث انتخابات به کهریزک موافقت کرد که مسئولان بازداشتگاه به وی اعلام کرده بودند بازداشتگاه گنجایش این تعداد نفرات را ندارد؛ مضافاً اینکه قرار نبود از این بازداشتگاه برای نگهداری افرادی غیر از دو مورد اشاره شده، استفاده شود.
به اقرار ایشان در تحقیقات، در جلسه‌ای که 21 تیرماه، ساعت 6 بعدازظهر در وزارت اطلاعات تشکیل شد، وزیر وقت، دستور مقامات عالی کشور برای انتقال بازداشت شدگان از کهریزک به سایر بازداشتگاه ها را به وی ابلاغ کرد، اما وی در این روز این کار را انجام نداد، درحالی که فردای آن روز (دوشنبه 22 تیرماه) در ساعت 9 صبح نیز آقای جلیلی، دبیر وقت شورای عالی امنیت ملی همین دستور انتقال فوری بازداشت‌شدگان را به وی اعلام کرد. اما حتی در این روز نیز بازداشت شدگان از کهریزک منتقل نشدند و موضوع با طفره و تعلل، به حوالی ظهر روز بعد موکول شد. این مسأله از آنجا اهمیت می‌یابد که هیأت پزشکی قانونی انتخاب شده برای رسیدگی به علل فوت قربانیان کهریزک، در نظریه خود صریحاً اعلام می‌کند که علت اصلی فوت در طول 72 ساعت قبل از مرگ و به علت گسترش عفونت ناشی از ضربات در بدن قربانیان بوده است.
این امر توضیح می‌دهد که اگر بازداشت‌شدگان، پیرو دستور مقامات عالی کشور و با درخواست شورای عالی امنیت ملی حتی در روز 22 تیرماه به جایی دیگر غیر از کهریزک منتقل می‌شدند، این فاجعه اتفاق نمی‌افتاد. به این جهت، ترک فعل یا اقداماتی که آقای مرتضوی باید فوراً انجام می‌داد و انجام نداده بود، موجب وقوع این قتل شده و از مصادیق معاونت در جرم قتل محسوب می‌شود.
با توجه به آنچه گفته شد، نه تنها نوشته آقای مرتضوی، دوپهلو است و با همه اظهارات گذشته این شخص تعارض دارد، بلکه پاسخ درخوری به مسأله تحریک شدید افکار عمومی از این جریان نیز داده نشده است.
اساساً نامه وی، عنوان عذرخواهی از وقوع جرم و دخالت در آن را ندارد. ایشان از امری عذرخواهی کرده که به زعم او، منتسب به دیگران است، در حالی که این عمل منتسب به دیگران نبوده و ایشان اگر هیچ قصوری در انتقال فوری این بازداشت‌شدگان به کهریزک نداشته است، نباید با انتقال بعدی موافقت می‌کرد؛ هرچند اساساً این بازداشتگاه زیر نظر ایشان بوده و پیش‌تر از شرایط آن مطلع بوده است.
